Sistemas Ambientales TO16

Antes de iniciar es importante enviar un correo electrónico para validar su inscripción y validar entregas después de cada tema del curso.
El correo es mundoaleatorio@yahoo.com
sin el mx

El curso se apoyara en este blog, en la plataforma CAMBIA y en documentos adjuntos que eviaré a ustedes.

El temario del curso se puede bajar en la siguiente liga: programa sintético.

A medida que avanza el curso se van anexando docimentos a cada tema o subtema: Cada tema o subtema es evaluado mediante un examen o trabajo práctico. En caso de que dos trabajos sean parecidos se asignara la calificación de cero.

1. Introducción y Análisis de sistemas.

Estudio de conceptos de Sistemas
Ejemplos de Sistemas Ambientales y Ciclos

2.-Modelación de sistemas.
Aspectos básicos de la modelización ambiental.
Tipos de modelos
Modelos y Medio Ambiente
Estudio de lenguajes de Modelaje por computadora (Vensim, R).
Ejercicios de aplicación en R
Ejercicios de aplicación en Vensim

3.-Aplicaciones de la programación matemática a la solución de problemas ambientales.

La modelización aplicada a la contaminación atmosférica.
La modelización aplicada a la contaminación de las aguas.
La modelización aplicada a la contaminación de suelos.
Modelos ecotoxicológicos.
La modelización aplicada a la contaminación de suelos,

4.- Temas Complementarios

Aspectos Estadísticos
Arbolado Urbano,
Manejo de desechos,
Calentamiento global,
Análisis de Ciclo de Vida

Programas para las prácticas

En esta sección se presentan apoyos para obtener los programas:

Vensim y para su uso. La versión estudiante no tiene costo y es suficiente para este curso. Vensim

R Pagina para obtener el programa R

En You Tube hay varios videos para instalar estos programas

También existe el programa con costo Stella sobre el cuál se han realizado numerosos modelos. Stella

Tambien se presentan algunos documentos con esta herramienta y en ciertas ocasiones se solicitará traducir un programa en stella a vensim.

programa para dibujar

Apoyo para diagramación

Nota: Los documentos presentados aqui provienen de otros sitios y su presencia no significa que el profesor es autor. El único objetivo es didáctico.

Prácticas Posibles

Modelos de Balance de Materia en Aire y Agua
lagos

Definitions

Anoxic:
Water containing 0 ppm of dissolved oxygen

Dead Zone:
An aquatic region of hypoxic water that does not allow for oxygen dependent life

Eutrophication:
The process by which aquatic ecosystems experience accelerated aging due to the addition of excess nutrients such as nitrogen and phosphorous

Hypoxic:
Water containing 0-2 ppm of dissolved oxygen

Estudio del circuito de recolección de basura actual

Estudio de Niveles de Contaminación Aire

trees dynamics CO2

trees dynamics

Encuesta en parques (,

Parque,

Ramón López Velarde

Alameda

México

España

Las Américas

Alameda Nueva Santa María

Revolución

Félix Xicotencatl

Tlacoquemecatl

Miguel Alemán

Estudios de Muestreo en árboles de la UAM o de Contaminantes de la Ciudad de México

Historias de árboles (dialogo, historia, recuento)

Calculos de Diversidad
Blog presentando una problemática del ambiente
Red social de árboles sobresalientes y con sufrimientos
Evento relacionado con el ambiente

La descripción de cada tema se hará conforme avance del curso

practica 5

Modelo Pluma de Gauss (2)
Acumulación de Contaminante en Aire (2)
Practicas de ML (2, 2)

programa de apoyo para reciclaje

xres<-function(Cf, A, CA, P)
{
#inicilizar los arreglos
r<- seq(0,0.85,0.05) #inicializar secuencia de r
R<- c(rep(1,length(r)))
Fs<- c(rep(1,length(r)))
AT<- c(rep(1,length(r)))
FR<- c(rep(1,length(r)))
FD<- c(rep(1,length(r)))
for (i in r) {
R=r*A
Fs=A-R
AT=A-P
FR=R
FD=AT-R
PR1=Fs*Cf #ejemplo

PR= ifelse(PR1 >= 0.5, 1, -1)
}
res1<-data.frame(r,R,Fs,AT,FR,FD, PR1, PR)
return(res1)
}

> alex<-xres(1,1,1,1)
> alex
r R Fs AT FR FD PR1 PR
1 0.00 0.00 1.00 0 0.00 0.00 1.00 1
2 0.05 0.05 0.95 0 0.05 -0.05 0.95 1
3 0.10 0.10 0.90 0 0.10 -0.10 0.90 1
4 0.15 0.15 0.85 0 0.15 -0.15 0.85 1
5 0.20 0.20 0.80 0 0.20 -0.20 0.80 1
6 0.25 0.25 0.75 0 0.25 -0.25 0.75 1
7 0.30 0.30 0.70 0 0.30 -0.30 0.70 1
8 0.35 0.35 0.65 0 0.35 -0.35 0.65 1
9 0.40 0.40 0.60 0 0.40 -0.40 0.60 1
10 0.45 0.45 0.55 0 0.45 -0.45 0.55 1
11 0.50 0.50 0.50 0 0.50 -0.50 0.50 1
12 0.55 0.55 0.45 0 0.55 -0.55 0.45 -1
13 0.60 0.60 0.40 0 0.60 -0.60 0.40 -1
14 0.65 0.65 0.35 0 0.65 -0.65 0.35 -1
15 0.70 0.70 0.30 0 0.70 -0.70 0.30 -1
16 0.75 0.75 0.25 0 0.75 -0.75 0.25 -1
17 0.80 0.80 0.20 0 0.80 -0.80 0.20 -1
18 0.85 0.85 0.15 0 0.85 -0.85 0.15 -1
> plot(alex$r,alex.PR)
Error en xy.coords(x, y, xlabel, ylabel, log) :
objeto 'alex.PR' no encontrado
> plot(alex$r,alex$PR)
> plot(alex$r,alex$FR)

Práctica 3 (Modelación de DO y BOD)

En word hacer un estudio (introducción, problemática, proceso de modelación, tecnologías de solución, ) sobre el fenómeno de la contaminación, sobre la necesidad de evaluar la BOD y el DO,
Presentar ejemplos de aguas contaminadas en superficie cerca de su casa (tomar fotos y/o videos),
Desarrollar el modelo de balance de masa y el modelo de variación entre DO y BOD, explicar la reoxigenación, la desoxigenación, BOD natural, nivel de DO en saturación, indicar de que depende este nivel DOsat (Ley de Henry) .

Por favor las ecuaciones deben ser editadas (no en imagen), respuestas a las preguntas del problema 1 y problema 2

Entregar:
carpeta con
archivo en Word
archivo en Excel (mapa de navegación, resultados de R)
programas en R con comentarios
fotos en carpeta

Preguntas del problema 1 y problema 2
hoja1
hoja2
hoja3
hoja4
hoja5

La practica es individual

Ejemplos diversos de apoyo

Liga para bajar la librería deSolve para R

Liga para bajar la librería Odesolve para R

Práctica 2

Guías para practica 2
Por supuesto que en clase se explica esto mejor

Guia en word

Guia en Excel

Guia General

Guía Estratificado

Se propone realizar una práctica para conocer diferentes esquemas de toma de Muestras. Para esto vamos a usar los datos publicados por la Secretaría del Medio Ambiente

Datos sobre Contaminación Aire Ciudad de México

y Datos publicados en el banco de datos de UCI

Datos Planta de Tratamiento

Artículos:

articulo general sobre el muestreo

Selección Muestral (leer solo de la 28 en adelante)

Clase para practica 2 (7/06/2012)

Observaciones:
Completar su trabajo con los ciclos del componente que eligieron segun el caso Importante estos deben ser con diseño propio, no copiar imágenes de Internet:

Ciclo de Nitrógeno (NO, NO2), Ciclo de Azufre (SO2, SO3) , Ciclo de ozono (O3), Ciclo del Carbono (CO y CO2), eventualmente incluyendo volátiles como aldehidos, esteres, dióxinas.

Práctica 1: Árboles de la UAM Azcapotzalco

Checar levantamiento de árboles en la UAM A con el Plano actual de los árboles (las zonas ya fueron distribuidas)
medición altura y volumen
Circunferencia
Guia de Levantamiento

clase excel y R 31-05-2012

archivo 1
archivo 2
archivo 3
archivo 4
archivo 5

Elementos a incluir en Pràctica 1

Una carpeta llamada apellidonombrep1 con un archivo en Excel llamado apellidonombre1 y otra fotos zona98

Mapas de levantamiento antiguo y nuevo con anotaciones correctas
Enunciado, Objetivos generales y particulares
Tabla de datos
Tratamientos Estadìsticos (Datos sin agrupar en R, datos agrupados en Excel o R)
Instrucciones en R (ver la guía R para Estadística)
Mapa de Navegaciòn
Mapa en Google maps (si hay tiempo)

Práctica Historias de Árboles

Hacer una red social de árboles sobresalientes y con sufrimientos (yo voy a abrir la cuenta en facebook y todos tendrán acceso).

Pedir a cada uno de sus amigos de facebook (mínimo 20) e invitarlos a tomar fotos de dos árboles que esten cerca de sus casas. Si no tienen Facebook, pedir a sus amigos de hacer lo mismo.

Cada árbol debe estar indentificado con la dirección exacta (calle, colonia, código postal, y ponerlo en un mapa en google maps (en una cuenta que abriremos y todos los del curso tendremos acceso). El árbol puede estar en una banqueta, camellón, en un parque o jardín, en una casa o en un lugar público o privado. De preferencia identificar la especie (consultar apoyos sobre árboles sitio de la UNAM o Sendero árboles UAM Azc)

Ustedes deben explicarles lo que piensan que es:
Un árbol sobresaliente (es un árbol que les llame la atención, aunque hy que anotar porqué les ha llamado la atención: por ser un árbol con mucha altura, por tener una copa muy grande, por dar una sombra increible, por ser un árbol con un gran tronco, por se un árbol donde habitan diferentes especies, un árbol que proyecta paz y tranquilidad, o lo contrario que proyecta miedo y temor.

Un árbol sufriente puede ser un árbol que ya sufrio y esta muerto, un árbol mal podado y que se resiste a morir; un árbol con muchas heridas, un tocón de un árbol cortado, un árbol lleno de otras plantas parásitas como el muérdago, un árbol mal cortado o podado, un árbol enfermo, un árbol destruido por la gente o donde chocó un auto, por ser un tiradero de basura o aceite, etc,...

En una segunda etapa cada uno de ustedes eligirán dos de los árboles que recuperaron (o ustedes pueden elegir otros, aunque esten dentro de la UAM) : un árbol sobresaliente y un árbol sufriente. Con ellos ustedes construiran una historia o puede escribir un dialogo de ustedes con el árbol, de un árbol con otro, de un árbol con la vida, de un árbol con los seres humanos, contar la historia de un árbol que no es endémico y que llego de otro país (Jacaranda, Eucalipto, Pirul, Olivo, etc).
Contar una historia de un árbol que estaba antes de la conquista y ha sobrevivido al día de hoy (Ahuehuete, Ahuejote, etc)

Ejemplo: Historia de Árboles:

.............................................................................................

Historias de árboles en la ciudad

De: Rodrigo Samayoa Valiente / lunes, marzo 24, 2008

¿Qué historias contarían los árboles si pudieran hablar? habrían visto pasar muchas generaciones humanas. Los que viven en los bosques contarían historias buenas y malas. Unos hablarían de cazadores, incendios y depredación; otros con mejor suerte, contarían historias de un bosque protegido, visitantes que los veneran y guardabosques que los cuidan. Los árboles de ciudad contarían historias también buenas y malas. Unos hablarían de la contaminación, del cambio en las ciudades y cómo están perdiendo la batalla por la supervivencia. Otros, parte de una ciudad que los respeta.

Esta pudiera ser la historia de un árbol cualquiera, que un día fue arrancado de sus raíces y de su bosque para ir a vivir a San Salvador. Este conacaste nació en abril, con las primeras lluvias del año 1960. Hijo de buen padre y madre, de los más distinguidos árboles de la cordillera del bálsamo. Ahí, un buen día de abril, esa particular semilla que había logrado sobrevivir ya unas cuantas semanas en el suelo, logró germinar con las primeras lluvias, a la sombra de su majestuosa madre. Ahí creció, le salieron sus primeras hojas, muy orgulloso las alzó al sol, aprendió a hacer fotosíntesis, a utilizar dióxido de carbono para construir glucosa, y a expulsar el oxígeno sobrante.

Al año, cuando él ya pensaba que lo sabía todo en el mundo, cuando ya sabía que había una época del año donde dejaba de llover y que había que competir con todos los árboles para poder tener un poco de sol, de ahí lo arrancaron y trasladaron a San Salvador. Después de días en un vivero, por fin lo sembraron, a la orilla del paseo general escalón. Creció por años sin mayores problemas, vio como la ciudad crecía, como aumentaban los carros y como las modas al final de cuentas siempre pasan.

Al final de crecer tanto se topó con su primer problema, el paseo escalón era de asfalto, sus raíces ya no podían crecer todo lo que debían, la gente lo comenzó a mirar mal por lo que el inconsciente árbol le hacia a la calle, la abultaba e impedía la circulación vehicular. Los vecinos de San Salvador protestaron, pero al final se acostumbraron a la nueva forma de la calle, no pasó más. Luego creció y sus ramas toparon con los cables del tendido eléctrico, la gente protesto nuevamente y lo podaron, pero ya no era suficiente, ya el conacaste era un peligro para el progreso y el desarrollo de San Salvador. Tenían que acabar con él, la amenaza tenia que ser exterminada. Así en un abril del año 2007 el conacaste, que tanto había contribuido al bienestar de sus vecinos -lo había hecho sin ningún reparo, sin ninguna posibilidad de decir a donde iría, ahí lo sembraron y ahí tenía que estar- lo cortaron y vendieron sus partes.

Así deben de ser las historias que contarían los árboles de San Salvador, donde cada vez más pierden la batalla por existir. Esa historia también se repite en la mayoría de ciudades del gran San Salvador, por los cables, por las calles, porque no vaya ser que la próxima lluvia se caiga. Y son motivos validos, pero será que hay maneras de planificar la ciudad para que las historias de los árboles sean distintas. Yo creo que si, solo necesitamos orden, planificación, un poco de conocimiento de las especies que se siembran y sobre todo cables subterráneos en todos los lugares que se pueda.
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Ejemplo: Historia de un Colorín: Ya no recuerdo quién, ni desde cuando fui traido aquí, quizas fue antes de que hubiese tanta gente, quizas me trajo el dueño de la casa de enfrente, o un inquilino de uno de los departamentos que renta, o fui plntado en alguna de esos programas para promover la plantación de árboles,... quizas esto último así fue pues en mi calle hay varios colorines como yo.. El dueño de la casa, es una persona amable. Aún recuerdo que a veces me regaba y me bañaba con mucha agua,... mmh que alegría,... pues yo aprovechaba, ese momento, para almacenar agua, para tiempos menos prosperos,...me recuerdo aún con muchas ramas y hojas. Mis flores salían al final del invierno y daba color a la tristesa de los días obscuros y frios. Mis hojas permanecían durante casi toda la primavera,... me divertía cuando, algunas de mis flores caían sobre la gente, pues dada la fama que tenemos de albergar gusanos, algunos se asustaban. Sin embargo muchos aprecian la alfombra roja que dejo en el piso. Algunos dicen que mis flores son comestibles,.. yo no lo sé. Mi dolor inició hace algunos años, cuando se fue un vecino y se rento el departamento a una vecina enojona,,,... sentí su mirada reprobatoria desde que llegó, yo me estremecí pues me imaginé lo que me esperaba. Por supuesto que no era el mas lindo de los árboles de la calle, pero no hacía daño a nadie,... solo que me veo un poco chueco y algunos gusanos les gusta hospedarse en mis ramas. Una noche salió la vecina y con un cerrucho empezo acortar mis ramas,... ahora me queda sólo el tronco ,... me resisto a morir,.. , esta primavera, con mucha energía, logré producir muchas ramas y las llené de hojas, .. no me veo muy bien, pero el vecino de enfrente, parece que me aprecia y dice que me parezco a Elmo por mis flores rojas.

Historia de Olmos

La increible historia de la Jacaranda que vivió para contarla.

Para que un personaje manifieste sus más excepcionales cualidades, hay que ver si su actuación está desprovista de todo egoísmo, si obedece a una generosidad sin par, si es del todo cierto que no abriga un afán de recompensa y que, por añadidura, he dejado una huella permanente sobre la tierra.

Jean Giono “El hombre que sembraba árboles”.

Para Daniel.

(Con cariño para Abi, Querendón, Sergio y Cruz que ayudaron a salvarla)

Ahora que florecen las jacarandas, escribo estos párrafos porque hay historias que merecen la pena ser contadas una y otra vez. Sin duda la historia de la jacaranda octogenaria que cruzó el centro de la ciudad de México, se encuentra entre ellas.

Al filo de las 12 del día del sábado 21 de julio de 2007, sonó mi celular. Era Daniel Gershenson quien alarmado pedía ayuda. Estaban derribando una hermosa Jacaranda de más de 80 años en un predio que había funcionado como jardín privado en las calles de Tamaulipas y Campeche, colonia Condesa. Días antes protestamos por la tala inmoderada de árboles urbanos en circuito interior, a la altura del metro Juanacatlán, todo, para que los automovilistas pudieran ver sin “obstáculos” los anuncios espectaculares.

Tras la manifestación Daniel me pidió que lo acompañara a ver la hermosa Jacaranda. No era tiempo de floración pero su hermosa copa abarcaba los 12 metros de aquel terreno y se erguía orgullosa sobre unos 4 o 5 árboles más pequeños. Me dio la impresión que nos protegía. Ahí los vecinos nos contaron de los inumerables recuerdos que ese jardín les traía. Entre ellos, el poeta uruguayo mexicano Juan Gelman. Juegos, risas, besos y no se que tantas travesuras, imaginé. Una mujer de unos 70 años comentó: “cuando yo era niña jugaba bajo la jacaranda que ya era grande”. Daniel y los vecinos habían realizado las gestiones necesarias para trasladar a esa campeona de la naturaleza a otro hogar donde pudiera seguir dándonos su belleza y servicios ambientales. Pero el dueño del predio se negaba. “Tengo el permiso y el predio es mío, la voy a quitar”, decía.

Aquel sábado me dirigí apurado a la colonia Condesa, habían iniciado la tala de sus ramas mayores con la intención de derribarla por completo. Algunos compañeros gritaban a los trabajadores desde el camellón, otros aventaban un poco de lodo con el objeto de impedir la criminal labor. Al intensificar nuestra protesta los trabajadores se negaron a continuar. Llegaron las patrullas y todo se tornó tenso. Acudiendo al llamado de las vecinas. Alfonso Suárez del Real, en ese entonces diputado, se unió a la negociación que tras tres horas concluyó con el acuerdo que podríamos sacar la Jacaranda a costo de la Asociación Al Alarbo. El plazo; un día y medio.

Los trabajos iniciaron de inmediato, toda la tarde y toda la noche. Se construyó el cepo alrededor de la giganta, se liberaron algunas raices y una enorme grúa la desterró de su lugar de nacimiento, entre aplausos de quienes estabamos ahí. No sería sencillo maniobrar sobre la estrecha vialidad. Finalmente fué colocada en una enorme plataforma, que a duras pensa pudo salir de la apretujada colonia Condesa.

Se cerraron varias vialidades Incluyendo Juan Escutia. Guardo para mi la cara de sorpresa de cientos de transeúntes que no daban crédito que una enorme Jacaranda se cruzara en su ordinario panorama. Ahí estaba Daniel ciudadándola durante el trayecto. La Jacaranda arribó al Jardín López Velarde, en la colonia Roma, donde un enorme cepo le daría la firmeza a su nuevo hogar.

Quienes criticaban la acción, decían que un árbol maduro como ese moriría en unos meses. Su primer año fué muy difícil.

En México no existe una cultura de respeto al árbol y menos del árbol urbano. Los árboles urbanos tienen un valor histórico y comunitario, nos recuerdan momentos de nuestro pasado y son en muchos casos centro de convivencia de comunidades. Su valor ambiental aunque demostrado es ignorado en casi todas las ciudades de nuestro país. Regulación del clima, producción de oxígeno, retención de particulas suspendidas, remoción activa de contaminantes, entre otras. En el Distrio Federal se les subordina a los anuncios espectaculares. Daniel Gershenson y Al Arbo han emprendido casi en solitario su defensa.

La Jacaranda sobrevivió, quizá sabía su importancia como baluarte en nuestra lucha por defender los árboles de esta ciudad, que decidió quedarse entre nosotros. Sus antiguos vecinos la han ido a visitar y colgarle moños con mensajes de cariño. Cada que las Jacarandas florean, me doy una vuelta al Jardín López Velarde. Ahí esta recordando, a quienes quieran enterarse, nuestro ancestral vínculo con los árboles monumentales.

Esta es, en resumen, la increíble historia de la Jacaranda que vivió para contarla.

http://www.alarbo.org/

5. Ahuehuete

Es un árbol que puede alcanzarlos 37 de altura originario de Méjico. En Santa María de Tule existe un ejemplar que mide 41m de altura, 14 metros de diámetro y 36 de perímetro, con una edad aproximada de 2.000 años. En la ciudad de Méjico, se encuentra el conocido árbol de Montezuma, con 52 metros de altura. Los aztecas empleaban su resina para curar heridas.

La historia del árbol

Mario Miguel Ojeda Ramírez

Soy un viejo árbol seco, sin un retoño, en la loma, al final de la vereda. Estoy muerto; mis raíces están muertas. Dejé, hace tiempo, de tomar los nutrientes de la tierra; dejé de procesar la savia de la vida; dejaron de circular por los vasos que me forman los líquidos que me hacían frondoso y que me permitían dar flores. Daba frutos también; jugosos, de múltiples formas y sabores; saciaban la sed de cualquiera que llegara a la loma, por lejano que hubiera sido su peregrinar. Alguna vez se dijo que mi sombra aliviaba el cansancio.

Así fui; así era, y me gustaba. Sobre todo, me encantaban las historias de amor que se gestaban a mi sombra cuando dos enamorados se citaban al final de la vereda. Me gustaba cobijar las ilusiones; me encantaba que se tejieran historias junto a mi tronco; ser partícipe de esa intimidad mientras dominaba el majestuoso valle que aún me embriaga ahora, aunque yo esté muerto.

Me recuerdo joven y me da nostalgia. Siento culpa por haberme dejado podar aquella primavera. Aunque debo reconocer que poco podía hacer. Iba a dar flores. Mis hojas estaban aún verdes y fuertes. Me dije qué más da si este valle cretino siempre me ha visto en los veranos con hojas y flores; uno sin flores ni hojas no es ninguno. Lloré savia al verme desnudo, mis ramas cayeron por los suelos. Estuve adolorido tantos días; no recuerdo cuántos. Sólo los pájaros, con su escándalo cada mañana, cada noche, me recordaban que era el árbol frondoso de la cima, al final de la vereda. Por lo demás, me contentaba durante el día viendo el paisaje del valle.

Al final del verano sentí que los retoños habían brotado; me sentí fortalecido; mis hojas eran pequeñas y tiernas. Me encantó ser alimento de las hormigas, de otros insectos y algunos pájaros hambrientos. Así llegó el otoño. Miré el paisaje. Me visitaron, a pesar de mi escasa sombra, algunos enamorados. Escribieron sobre mi tronco frases de amor, me dibujaron corazones, parejas de locos que escapaban por la tarde para venir conmigo. Se amaban tanto que nada les hacía el helado aire de las tardes otoñales en la loma. Fui cómplice. Era testigo de apasionadas confesiones, apasionados besos, entregas sin reserva. De ellos aprendí que el amor no puede ser prohibido. Con ellos pasé el otoño y también el invierno; me llegó la primavera y nuevamente florecí. Como nunca, quise ser discreto en mi floración, no quería denunciarlos; mis flores fueron pequeñas, de matices suaves. Pero mi sombra los cobijó del intenso calor vespertino; me daba ternura ver sus cuerpos candentes, bañados en sudor a pesar de mi sombra. No recuerdo cuántas veces fui testigo de las varias entregas, de los tiernos remansos después del éxtasis; de los reinicios intempestivos. Una tarde ya no vinieron. Me quedé esperándolos. Los extrañé; y guardo la esperanza de que un día regresen.

La siguiente primavera hubo una sequía. Mis raíces se tuvieron que hacer profundas para conseguir agua, y tuve que tirar casi todas mis hojas. Me decían el árbol seco, pero aún estaba vivo: sentía cómo la savia fluía por mis vasos, mientras contemplaba el majestuoso valle, con sus montañas al fondo.

Un día alguien vino con la idea de tirarme. De mis entrañas brotaron gemidos. Nunca había sentido verdadero miedo. Por la noche no hice más que llorar y gemir; nadie me escuchó. Al amanecer todo lo vi distinto; aún estaba vivo: tras los cerros, el sol pintaba el paisaje de anaranjado intenso. Fue como un renacer. Se repitió el caso; vinieron comitivas que acampaban a mi sombra para planear cómo derribarme. Hablaban de las sierras que usarían, de cómo cortarían mis ramas. Una vez alguien dijo que la forma más digna de cortar un árbol como yo, era al ras del suelo, con una sierra potente y grande: de un sólo tajo. Describió cómo, ya caído, me secaría.

Mi fui acostumbrando a la idea de que llegaría a ser un árbol caído. Ya no gemía, lo tomaba como parte del destino de un árbol. Eso fue lo peor: mi actitud. Fui, entonces, de manera consecuente, dejando de restaurar y reemplazar mis vasos, mis tejidos; así se me secó la primera rama. En un principio se marchitaron las hojas y con el aire se cayeron; luego los retoños ya no brotaron. Dejó de fluir la savia y la rama más grande se fue secando. Ahora es un leño podrido que alberga gusanos e insectos. Sufrí tanto. En aquella primavera fui el árbol frondoso de la gran rama seca. Pero aún daba sombra, aún daba flores, aún daba frutos y todavía fui testigo de otras estaciones, divisando el valle y compartiendo las historias de los enamorados que, de cuando en cuando, me visitaban.

Unos pocos veranos después, mis raíces empezaron a fallar. Alguien había cortado la corteza de mi tronco y había puesto una sustancia venenosa que regaba las entrañas de mis raíces. Sentía cómo me secaba; pero aún estaba vivo. Era uno de los malévolos planes que había escuchado. Habría preferido que me cortaran las ramas. Pero eso es lo que me tocó. El veneno fue recorriendo mis entrañas y me fue matando poco a poco. Yo lloraba cada noche; gemía, gritaba, pedía auxilio. Nadie me escuchó. Todavía di unos retoños la primavera siguiente; todavía me brotó una flor y también di un fruto. Nadie llegó por él; se cayó de maduro y fue comido por los gusanos. Mis raíces estaban infectadas de veneno; me invadía la tristeza. Ya no lloré, ni gemí, ni grité: sabía que nadie me escuchaba.

Me concreté a ver esa embriagante puesta de sol que tanto disfrutaba cuando sabía que estaba vivo y que me esperaba el mañana. Contemplé cómo el sol se iba ocultando hasta que llegó la noche. No supe cuándo fenecí; no supe cuándo dejé de ser un árbol vivo; ahora soy ese majestuoso cadáver, al final de la vereda, en la loma, desde donde se divisa el valle. Así me siento, y me imagino como lo que soy: el viejo árbol, seco, sin siquiera un retoño, contemplando la inmensidad y la vida del valle. Sueño con las montañas y el bosque, y hago lo que me queda: recordar.

tomado de

http://www.justa.com.mx/?p=33353

Books about ecological modelling that use R

Soetaert, Karline and Herman, Peter M.J. (2009). A Practical Guide to Ecological Modelling Using R as a Simulation Platform.
Springer.
http://www.springer.com/life+sci/ecology/book/978-1-4020-8623-6
Stevens M. Henry H. (2009). A Primer of Ecology with R.
Springer.
http://www.springer.com/life+sci/ecology/book/978-0-387-89881-0
Ellner, Stephen P. and Guckenheimer, John (2006). Dynamic Models in Biology.
Princeton University Press.
http://www.cam.cornell.edu/%7Edmb/DMBsupplements.html

Dresden

TU Dresden
Institut of Hydrobiology, Work Group Limnology
Centre for Information Services and High Performance Computing (ZIH)

SIR Model – The Flue Season – Dynamic Programming

May 14, 2013

By Francis Smart

(This article was first published on Econometrics by Simulation, and kindly contributed to R-bloggers)

# The SIR Model (susceptible, infected, and recovered) model is a common and useful tool in epidemiological modelling.

# In this post and in future posts I hope to explore how this basic model can be enriched by including different population groups or disease vectors.

# Simulation Population Parameters:
# Proportion Susceptible
Sp = .9

# Proportion Infected
Ip = .1

# Population
N = 1000

# Number of periods
r = 200

# Number of pieces in each time period.
# A dynamic model can be simulated by dividing each dynamic period into a sufficient number of discrete pieces.
# As the number of pieces approaches infinity then the differences between the simulated outcome and the outcome achieved by solving the dynamic equations approaches zero.
np = 1

# Model - Dynamic Change
DS = function() -B*C*S*I/N
DI = function() (B*C*S*I/N) - v*I
DZ = function() v*I
# I is the number of people infected, N the number of people in total, S is the number of people susceptible for infection, and Z is the number of people immune to the infection (from already recovering from the infection).

# Model Parameters:
# Transmition rate from contact with an infected individual.
B = .2
# Contact rate. The number of people that someone becomes in contact with sufficiently to recieve transmition.
C = .5
# Recovery rate. Meaning the average person will recover in 20 days (3 weeks).
# This would have to be a particularly virolent form of the flu (not impossible at all).
v = .05

# Initial populations:

# Sesceptible population, Sv is a vector while S is the population values as the current period
Sv = S = Sp*N

# Infected, Iv is a vector while I is the population values as the current period
Iv = I = Ip*N

# Initial immunity.
Zv = Z = 0

# Now let's how the model works.
# Loop through periods
for (p in 1:r) {
# Loop through parts of periods
for (pp in 1:np) {

# Calculate the change values
ds = DS()/np
di = DI()/np
dz = DZ()/np

# Change the total populations
S = S + ds
I = I + di
Z = Z + dz

# Save the changes in vector form
Sv = c(Sv, S)
Iv = c(Iv, I)
Zv = c(Zv, Z)
}
}

# ggplot2 generates easily high quality graphics
require(ggplot2)

# Save the data to a data frame for easy manipulation with ggplot
mydata = data.frame(Period=rep((1:length(Sv))/np,3), Population = c(Sv, Iv, Zv), Indicator=rep(c("Uninfected", "Infected", "Recovered"), each=length(Sv)))

# This sets up the plot but does not actually graph anything yet.
p <- aes="" ggplot="" group="Indicator))" mydata="" nbsp="" p="" x="Period," y="Population,">
# This graphs the first plot just by the use of the p command.
# Adding the geom_line plots the lines changing the color or the plot for each indicator (population group)
p + geom_line(aes(colour = Indicator)) + ggtitle("Flu Season")

# Save initial graph:
ggsave(file="2013-05-14flu.png")

# Let's do some back of the envelope cost calculations.
# Let's say the cost of being infected with the flu is about $10 a day (a low estimate) in terms of lost productivity as well as expenses on treatment.
# This amounts to:
sum(Iv/np)*10
# Which is a cost of $165,663.40 over an entire flu season for the thousand people in our simulated sample.
# Or about $165 per person.

# Imagine if we could now do a public service intervention.
# Telling people to wash their hands, practice social distancing, and avoid touching their noses and eyes, and staying at home when ill.
# Let's say people take up these practices and it reduces the number of potential exposure periods per contact by half.
C = .25

# ....

p + geom_line(aes(colour = Indicator)) + ggtitle("Flu Season with Prevention")

# Save initial graph:
ggsave(file="2013-05-14flu2.png")

# ....

sum(Iv/np)*10
# Which is a cost of $76,331.58 over an entire flu season for the thousand people in our simulated sample or about 76 dollars per person.

# The difference in costs is about 89 thousand dollars for the whole population or on average 89 per person. The argument is therefore, so long as a public service intervention that reduces personal contact costs less than 89 thousand dollars for those 1000 people, then it is an efficient intervention (at least by the made up parameters I have here).

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miércoles, 7 de noviembre de 2012

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